Sérgio Marquês fez quase toda a sua carreira sénior no Estrela da Amadora (exceptuando uma passagem por Albufeira em 2000/01), onde se estreou bastante jovem no escalão principal, antes de chegar ao nosso clube. Depois de um ano sem jogar devido a lesão prolongada, o Olhanense apostou nele, e em boa hora, pois foi pedra fundamental na equipa que subiu à Liga de Honra, revelando uma enorme regularidade exibicional.

Em 2004/05 voltou a ser uma das pedras-base da equipa. Já como "capitão" de equipa, formou excelente dupla com Alexandre no centro do terreno. Na temporada 2005/06 voltou a capitanear a equipa e, no final da mesma, regressou ao seu clube de origem, o Estrela. Passaria depois também pelo Atlético e pelo Mafra, antes de terminar a sua carreira de futebolista. Em Junho de 2012, após "pendurar as botas", deu uma entrevista ao jornal "A Bola" que reproduzimos abaixo com a devida vénia.